Темрюкский музей образован в 1920 году по инициативе учителей города. Это был естественно-педагогический музей. С 1924 года он становится историко-краеведческим, его работу возглавил Сергей Франциевич Войцеходвский — краевед-энтузиаст. Он составил карту археологических памятников Таманского полуострова, вел научно-исследовательскую работу по изучению грязевых вулканов полуострова. Погиб в шурфе горы Гнилой в 1931 году во время забора проб сопочной воды.
Во время оккупации (1942—1943 гг.) музей пострадал: фашисты сожгли научный архив, библиотеку, разграбили коллекции музея.
Сегодня музейные экспозиции размещаются в 4-х залах: зал истории Боспорского царства представляет историю с VI в. до н.э. по IV в. н.э.; в зале казачества посетители знакомятся с историей заселения Тамани и Кубани черноморскими казаками; о событиях Великой Отечественной войны на Тамани и предметами военного быта рассказывает зал Великой Отечественной войны.
С природой Тамани посетители знакомятся в 4-м зале музея. Особое внимание привлекают к себе коллекции археологии, этнографии кубанских станиц, подлинность предметов периода войны, палеонтологическая коллекция.