В годы Великой Отечественной войны музей потерял почти всё и начал своё возрождение после освобождения города.
16 сентября 1960 г. в новом помещении по ул. Советов, 58 были торжественно открыты новая экспозиция музея и диорамный триптих «Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков. 1943 г.».
Кроме основной экспозиции «История города Новороссийска», в состав музея-заповедника входят:
1. Литературно-мемориальный отдел «Дом-музей Н. Островского» (ул. Васенко, 21)
2. Комплекс стационарных выставок (пр. Ленина, 59):
— «Старый Новороссийск»;
— «Природа Новороссийского района. Охрана окружающей среды»;
— «Историческое золото и серебро»;
— «Реликвии Великой Отечественной войны»
3. Выставочный зал (ул. Советов, 40)
4. Мемориальная экспозиция «Оружие и боевая техника периода Великой Отечественной войны»
5. КП НВМБ и КП 18 армии
6. Мемориальный комплекс «Долина смерти»
7. Мемориальный комплекс «Героям гражданской войны и Великой Отечественной войны 1941-1945 гг.»