Основателем краеведческого музея Усть-Лабинского района был метеоролог, историк и краевед М.И. Петренко, стараниями которого собрана значительная часть музейной коллекции. Известно, что уже к 1929 году в станице Усть-Лабинской действовал краеведческий музей, основу экспозиции которого составляла коллекция, собранная М.И. Петренко в период с 1914 года. В собрании было представлено оружие, старинные монеты, карты и книги XVI-XVII веков. В 1931 году музей получил собственное помещение. Коллекция, собранная сотрудниками краеведческого музея и энтузиастами-любителями, уцелела в годы Великой Отечественной войны. В начале пятидесятых годов собрание музея пополнилось экспонатами, относящимися к эпохе русско-турецких войн XVIII-XIX столетий. Усть-Лабинскому музею был передан бюст А.В.Суворова, вышедший из мастерской скульптора Е.В. Вучетича. В 1958 году коллекция музея экспонируется в двух комнатах городского Дворца культуры. К 1999 году краеведческий музей получает муниципальный статус. В 2005 году для размещения экспозиции музей получает здание, являющееся памятником архитектуры конца XIX века. В 2006 году открывается для посетителей отдел краеведческого музея под открытым небом, исторический комплекс «Усть-Лабинская крепость». С 2008 года в состав музея входит созданный на базе подворья И.А. Дончакова отдел декоративно-прикладного творчества.
Муниципальный историко-краеведческий музей Усть-Лабинского района