Богатая событиями станичная история, описанная войсковым старшиной Кубанского казачьего войска, историком А.Д. Ламоновым в «Историческом очерке о заселении ст. Кавказской», вдохновила участника Великой Отечественной войны, учителя школы №1 Горошникова Евгения Петровича организовать поход школьников по местам укреплений Кубанской кордонной линии. Находки, привезённые из этого похода, легли в основу экспозиций. В их оформлении приняли участие специалисты краевого музея. В 1968 году состоялось торжественное открытие первого в истории станицы музея на базе школы №1.
В 1970-ом году музей занял первое место в смотре-конкурсе школьных музеев РСФСР.
В 1988 году приобретает статус станичного. В 1994 — приказом Министерства культуры РСФСР музею ст. Кавказской присвоено почётное звание «Народный».
С осени 2015 года музей переехал в отремонтированное историческое здание по ул. Ленина, 225 — в Дом Малиновского, который является памятником истории. Оформлены экспозиции «Казачья станица. Вехи истории» — об истории основания станицы казаками, возведении Кавказской крепости, великих людях, имеющих отношение к станице: полководец Суворов А.В, поэт Пушкин А.С., Елисеев Ф.И. и др. Экспозиции «Кавказская в годы Гражданской войны и Революции», «Станица Кавказская в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 гг», «Славные страницы истории или Служенье муз не терпит суеты », посвящённая 50-летию музея. Летом 2018 началось преображение музейного дворика — в нём появилась открытая экспозиционная площадка, здесь располагается выставка «Кубань-Матушка хлебосольная».
