В 1828 году Анапа была захвачена русскими войсками в ходе Русско-турецкие воины, и уже в 1829 году, в помещении бывшей анапской мечети, устраивается временная церковь. Вскоре, в 1830 году, император Николай I повелевает возвести храм в Анапе. Его строительство завершается к 1837 году; храм освящается в честь Онуфрия Великого и Петра Афонского — святых, в день церковной памяти которых (12 июня) русские войска в 1828 году заняли Анапу. 23 сентября 1837 года посетивший Анапу Николай I присутствовал на молебне в Свято-Онуфриевском храме.В 30-е годы 20 века Свято-Онуфриевская церковь была разорена
большевиками, были сняты колокола, снесены купола, а само здание
передано под краеведческий музей.
До 1964 года храм был закрыт, долгое время в нем находился Дворец пионеров, а с 1995 года возобновились богослужения.
Сегодня Храм Святого Онуфрия — центр духовной жизни города. В его
приходе действуют воскресные школы для детей и взрослых, православная
библиотека, что говорит о возрождении Православной веры.