Кавказский заповедник является самым крупным горно-лесным заповедником Европы и одним из старейших заповедников России. Основанный 12 мая 1924 г., он имеет гораздо более давнюю природоохранную историю. В мае 1924 г. был подписан декрет: в целях «...сохранения для научно-исследовательских и культурно-просветительных задач в неприкосновенном виде в горах Западного Кавказа горных лесов и альпийской полосы с населяющими его редкими животными и растениями учреждается государственный Кавказский зубровый заповедник...». X. Г. Шапошников возражал против слова «зубровый» в названии заповедника, считая, что это приведет к быстрому истреблению зубров бандитами, браконьерами и прочими лицами, которым заповедник не выгоден. За свою историю заповедник 9 раз менял ведомственное подчинение.
С 1966 г. его хозяином было Главное управление по охране природы Министерства сельского хозяйства СССР (позднее отдел по охране природы, заповедникам, лесному и охотничьему хозяйствам Госагропрома СССР), затем заповедник находился в ведении Госкомприроды СССР. В первые годы существования заповедника возникли конфликтные ситуации вокруг его границ.
Уже в 1924—1925 гг. во ВЦИК поступали ходатайства от окружающих заповедник землепользователей о выделении им части заповедной территории. В конце июля 1925 г. была создана комиссия Совета Народных Комиссаров РСФСР под руководством члена ЦКК Н. И. Подвойского. Подготовительную работу провела комплексная экспедиция проф. М. В. Крылова, которая летом 1926 г. обследовала территорию заповедника. В состав экспедиции был включен ряд видных ученых и специалистов: проф. С. С. Туров (зоолог), проф. Н. А. Троицкий (луговед), проф. А. Л. Григор (географ), А. К. Углицких (лесовод), В. Н. Робинсон (геолог).
По результатам работы комиссии в июле 1927 г. было принято постановление Совнаркома, которое подтвердило границы, установленные декретом о создании заповедника, с незначительными изменениями. Постановление предписывало выделить на территории абсолютную и охранную зоны. К сожалению, в дальнейшем эти границы не раз подвергались изменениям.
В 1930 г. заповеднику была передана Хостинская тисо-самшитовая роща — уникальный участок реликтового леса на Черноморском побережье. В феврале 1933 г. Президиум ВЦИК снова рассмотрел вопрос о границах заповедника и его основных задачах. Общая площадь заповедника определена в 337 000 га.
В 1936 г. были переданы Азово-Черноморскому краю высокогорный массив Лагонаки, а Бескесский участок — Карачаево-Черкесской автономной области. Площадь заповедника сократилась до 297 200 га.
Наибольший урон заповедник понес в 1951 г. В результате большая часть высокогорных лугов была отдана под выпас скоту, а в девственных лесах застучал топор. Территория заповедника сократилась до 108 120 га.
С 1924 г. по настоящее время границы изменялись 12 раз.