Основан 28 мая 1970 года, первоначально располагался на ул. Красной 39. Первым директором был В.А. Колегаев, преподаватель истории СОШ №2, инициатор и активист создания музея.
В 1982 году за успехи в краеведческой и поисковой работе Министерством культуры РСФСР музею присвоено звание «Народный».
Музею потребовались большие площади для новых экспозиций, так как его фонды постоянно пополнялись, и в 1992 г. в связи с празднованием 150-летия со дня рождения П.А. Кропоткина музей официально переезжает в здание по ул. Красной, 68 — памятник истории и архитектуры (1910 г.), до революции принадлежавшее начальнику железнодорожной станции Кавказская.
В 2011 г. постановлением главы администрации г. Кропоткина музею присвоено наименование муниципальное бюджетное учреждение культуры «Городской краеведческий музей».
В 2014 г. был сделан ремонт экспозиционного зала музея, создана новая экспозиция «Оккупация города Кропоткин — катастрофа человеческих судеб» (к 70-летию Победы в Великой Отечественной войне).
Основу коллекции по этнографии, быту и прикладному искусству составляют предметы, связанные с историей заселения казаками Кубани и развития данной территории.
Доминирующим в экспозиции является раздел, посвященный истории Великой Отечественной войны (оккупация города) и участия на фронтах войны кропоткинцев. В экспозиции представлены подлинные предметы военного периода, фотодокументы, относящиеся к трагической и героической странице истории нашей страны.
Экспозиция «Народы Прикубанья в эпоху бронзового, железного и средних веков» знакомит с тем, как на Кубани происходили активные миграционные процессы, вызывавшие цивилизационные столкновения между культурами, которые приводили не к конфронтации, а к поиску диалога и компромиссов
