В августе 1920 года по инициативе отдела народного образования в Геленджике был открыт «Музей природы и истории», который сложился из коллекций музея М.М.Рейнке. Он же стал первым заведующим теперь уже государственного музея.
Музей располагался в здании современной типографии. Имел естественно-исторический, археологический, этнографический отделы. Коллекции музея не были однородными, но относились к краеведческой тематике.
В 1935 году директором музея становится И.И.Аханов, который вложил в развитие музея всю свою энергию и любовь. К началу Великой Отечественной войны коллекции музея уже насчитывали около трех тысяч экспонатов.
Большим испытанием для музея стала Великая Отечественная война. Аханов И.И. ушел на фронт, а музей был сдан на хранение сторожу. После войны музей (экспонаты и имущество) были полностью утрачены.
В 1949 году музей открылся в здании бывшей начальной школы по ул.Ленина, 23. Была проведена большая работа по комплектованию фондов, которая стоила сотрудникам огромных усилий, но экспозиция была построена в этом же году.
Шли годы… Музей стал пополнятся новыми экспонатами, увеличилась посещаемость. Целая эпоха, в жизни музея связана с именем А.А.Колесниковой. За годы ее работы была расширена экспозиционная площадь, выросли фонды музея, открыты Дом-музей В.Г.Короленко в Джанхоте, музейные объекты под открытым небом: «Батарея № 394 капитана Зубкова», «Землянки командования 18 Армии». В начале 90-х годов XX века были созданы большие стационарные выставки «Кавказская война в художественных образах» и «Адыгейские древности», автором которых был М.Г.Минеев – зав. отделом истории древнего общества.
В 2004 году музей вновь переехал в здание по ул.Островского, 1. Были построены новые выставки по истории нашего курорта. На сегодняшний день основной фонд музея составляет 76 тыс. 932 единиц хранения, которые представлены коллекциями: каменных орудий ашельского периода, предметов эпохи бронзы, этнографической коллекцией адыгов, греков-понтийцев, переселенцев с Украины, русского и восточного оружия эпохи Кавказской войны и другими.