История Апшеронского музея начинается в конце 60-х годов. Динамическое развитие музея продолжалось вплоть до начала 90-х. Во времена государственных изменений фонды были переданы районному казачьему обществу и размещены в 4-х залах бывшего атаманского управления. Лишь в 2003 году музею выделено реконструированное здание. Этот год является годом основания музея.
Большой интерес посетителей вызывают коллекции военной тематики, археологии, палеонтологии, истории образования казачества и быта переселенцев, истории развития региона. Историко-культурная специфика региона позволяет аккумулировать в фондах музея совершенно различные направления.
Территория региона относится к сложным пограничным землям. Кавказский хребет во все исторические эпохи являлся естественным рубежом этнических образований, границей между локальными культурами, начиная с самых ранних периодов образования этносов. Через территорию Апшеронского района (Колхидские ворота) пролегала одна из кавказских веток Великого Шёлкового Пути. Культурный слой этих мест содержит в себе следы древних торговых караванов. Некоторые археологические предметы находятся в экспозиции Апшеронского музея. Свой отпечаток на этой территории оставил древний океан Тетис, предоставив исследователям палеонтологический материал.
Особое внимание в работе музея уделяется периоду Великой Отечественной Войны. На территории региона в годы войны проходили активные боевые действия.
