Дата основания — 1909 год.
В 1977 году решением Совета Министров РСФСР был создан Анапский археологический музей-филиал Краснодарского государственного историко-—археологического музея-заповедника имени Е. Д. Фелицына.
«Античный город Горгиппия» является уникальным наследием греческой цивилизации, ставшей фундаментом современной европейской культуры. Расположенный в историческом центре федерального курорта, памятник стал местом паломничества многочисленных гостей курорта, ученых, археологов, искусствоведов, любителей древности.
Ежегодно музей посещают более 150 тыс. россиян и зарубежных гостей. Археологический музей-заповедник «Горгиппия» включает в себя 1,6 га заповедной территории, из которых 0,7 га исследованы и экспонируются: жилые кварталы, дороги, колодцы, водостоки, винодельческие комплексы, оборонительные сооружения.
Работают выставки архитектурных деталей, памятников надгробной скульптуры, саркофагов. Находки экспонируются в двух зданиях дореволюционной постройки.
Отдел краеведения знакомит с историей турецкой крепости и курорта Анапа, историей виноградарства и виноделия в регионе, природными достопримечательностями. Работает мемориальный зал монахини Матери Марии (Е. Ю. Кузьминой-Караваевой).